Nhiều công sức đã được đổ vào việc phục dựng ngôn ngữ Môn-Khmer nguyên thủy, trong đó nổi bật hơn cả là Mon–Khmer Comparative Dictionary (Từ điển so sánh Môn-Khmer) của Harry L. Shorto. Trái lại, nhóm Munda lại ít được chú trọng, do tài liệu về nhánh này còn ít.

Paul Sidwell (2005) phục dựng hệ thống phụ âm ngôn ngữ Môn-Khmer nguyên thủy như sau:

Phục dựng này hệt với phục dựng trước đó của Shorto, trừ việc có thêm âm *ʄ. *ʄ được lưu giữ trong ngữ chi Cơ Tu, một nhánh Sidwell cũng chuyên nghiên cứu. Sidwell (2011) đề xuất rằng nơi phát tích của hệ Nam Á là đâu đó ở trung lưu sông Mê Kông, nơi ngày nay các ngôn ngữ Cơ Tu và Ba Na "chiếm giữ", và rằng nó không cổ như giả thiết trước đó, mới hiện diện cách đây khoảng 4000 năm.[6] Tuy nhiên, một nghiên cứu di truyền và ngôn ngữ năm 2015 về dân cư cổ đại miền Đông Á cho kết quả rằng nhiều khả năng ngữ hệ phát tích từ nơi ngày nay là Nam Trung Quốc, gần Trường Giang.[10]